Група за заштиту вода од загађивања
обавља послове који се односе на: припрему стручних основа за припрему прописа из области управљања водама из делокруга Групе; припрему стручно-техничких елемената за израду плана набавки Буџетског фонда за воде Републике Србије из делокруга Групе; припрему стручно техничког дела годишњег Програма управљања водама из делокруга Групе и праћење реализације; припрему решења којим се овлашћују правна лица за испитивање квалитета отпадних вода и решења којим се овлашћују правна лица за мерење и испитивање квалитета површинских и подземних вода; дефинисање планова рада у оквиру постојећих билатералних и мултилатералних споразума, креирање оквира за успостављање нових и/или даљи развој постојећих споразума у области одрживог управљања прекограничним водама, као и надзор над спровођењем договорених обавеза; израду годишњих и вишегодишњих планова билатералне и мултилатералне међународне сарадње и надзор њиховог спровођења; припрему и учешће у реализацију националног програма за интеграцију Републике Србије у Европску унију и праћење директива Европске уније из делокруга Групе; припрему и праћење спровођења пројеката који се реализују у области управљања водама из делокруга Групе; праћење прописа из делокруга Групе; обавља и друге послове из ове области.